A kórkép hátterében különböző okokra visszavezethető pangás, stasis áll. Ez többnyire motilitás zavar, ún. funkcionális bélbetegség következtében alakul ki, mely sokszor rostszegény diéta és rendszertelen széklet-habitus, ill. mozgásszegény életmód mellett vezet idült bélmozgás-zavarhoz. Ritkább esetben okozhatja a kontaminációt a vastagbélben található anatómiai elváltozás (pl. diverticulum, szűkület), ill. a felső tápcsatorna „fertőtlenítő” funkciójának elégtelensége is, pl. hasnyálmirigy-elégtelenség. Kontaminált vékonybél szindróma alakulhat ki továbbá, amikor a vastag-, és vékonybél között direkt összeköttetés alakul ki az ileocoecalis átmeneten kívül, azt megkerülve (pl. enterocolicus anasztomózis).A kontaminált vékonybél szindróma leggyakoribb tünetei a hasmenés, puffadás, korai teltség-érzés, esetleg vérszegénység (anaemia). A magyarázat, hogy a vékonybélbe került baktériumok fermentálják a bevitt, félig emésztett táplálékot, mely gázképződéssel jár. Ez ráadásul a gyomorkimenetet adó záróizom és a vékonybél végét záró Bauhin-billentyű közé „rekedve” nehezen távozik, tartós kellemetlen felfúvódást eredményezve étkezés után nemsokkal. Az esetleges vérszegénység a B12 vitamin hiányra vezethető vissza, a felszaporodott baktériumtömeg ugyanis a szervezet korlátozott kobolamin készleteit használja. A ritkán jelentkező zsírszéklet hátterében a konjugált epesavak csökkent mennyisége állhat. Néhány baktérium (pl. Bacteroides) a konjugált epesavakat átalakítja, melyek így hamarabb felszívódnak és a zsírok felszívódását elősegítő epesavak mennyisége a bél belsejében csökken. A hasmenés többnyire a széklet fokozott zsírtartalmának következménye, vagy a baktériumok okozta fokozott folyadékszekréciónak. Zsírfényű széklet esetében azonban mindig gondolni kell a hasnyálmirigy betegségeire is.
Bakteriális túlnövekedés gyanúját veti fel puffadás, korai teltség-érzés, rossz lehellet, ill. esetlegesen alacsony szérum B12 vitamin, és magas folsav szint (bélbaktériumok folsavat termelnek). A biztos diagnózist a vékonybél nedvben (jejunum aspirátum) felszaporodott bélbaktériumok kimutatása nyújtaná, ez azonban nem elterjedt diagnosztikai módszer. A klinikai gyakorlatban a H2 kilégzési tesztet használják elsősorban, mely a baktériumok által termelt Hidrogén gáznak a kilégzett levegőben történő megjelenését detektálja.
A kezelés függ a háttérben zajló folyamattól. Anatómiai stasis esetén oki terápia az elsődleges, tehát a mozgászavart okozó elváltozás sebészi korrekciója. Ezzel szemben a nagyságrendekkel gyakoribb funkcionális eredet, motilitás-zavar esetén az életmód-tényezők korrekciója, ill konzervatív, antibiotikus terápia javasolt. Az antimikróbás kezelés jellemzően 10 napig tart. A betegség gyakran krónikus lefolyású, a panaszok ismételt jelentkezésekor 1-1 hetes antibiotikus terápia indokolt. A tüneti terápia az alapbetegséget nem befolyásolja, de mérsékli a bakteriális túlnövekedésből adódó kellemetlen tüneteket. Hosszú távú eredmény kizárólag az oki tényezők, elsősorban mozgásszegény életmód és egészségtelen, rost-szegény diéta korrekciójától várható.